金山寺具体创建年代不详，但最迟至唐宋年间即已建寺。北宋名臣王安石为临川乡贤，他曾多次登山拜寺，游览抒怀：“重经高处寺，一与白云亲。树木有春意，江山如故人。幽轩含气象，偏雨落风尘。日墓晚归去，徘徊欲作神。”朝代更迭，世事沧桑，金山寺几经兴衰。宋、元两代，数次毁于战乱，明初盛极一时，明末又罹于战火，再度衰败。此后三百余年，金山寺凋零冷落，有名无实。1936年，南湘普净和尚云游至此，塔起闻经茅篷传灯阐教，使金山寺重现生机。抗战期间，印空法师始住持山门，次年间始复殿宇，至1947年建成。同时，在乡绅桂汝丹的支持和帮助下，恭迎西康贡噶活佛临寺传法，寺名为“中华贡噶寺”。1949年后，该寺创办中医传习所，培养了一批德技兼备的人才，并有数人参加抗美援朝救护伤员。后又创办尼众织布厂，实行生产自养，成为全省典型加以宣传。至“文革”中，该寺再次夷为平地，众多僧侣被迫还俗。

80年代中期，耄耋之年的印空法师自广州返金山寺住持山门，毅然挑起修复金山宝刹、再振禅风的重任。此举得到当地群众和政府的大力支持。经过十余年的艰辛努力、如今，金山寺崭新的面貌展现于世人面前。三里多长的盘山公路，汽车盘旋而至，游人拾级而上。寺内天王殿、大雄宝殿、伽蓝殿、玉佛殿、千佛楼、藏经阁、钟鼓楼、客堂、斋堂、寮房、教学楼、图书管等十数幢宏大建筑相继竣工，最高达六层。殿宇布局紧凑，错落有致，雄伟巍峨。寺内佛像栩栩如生，不计其数。藏有经书二十余万册，其中稀世珍宝《大藏经》二部。进入90年代，寺内已安装了高压电、自来水、程控电话、传真机。配备了成套广播器材、电化教学设备、彩电、录音机、电脑、复印机等，现代化办公试施一应俱全。1993年佛像开光盛况空前，各地善男信女及港、澳、东南亚华人弟子二万余众慕名蜂拥而至，蔚为壮观，誉为赣东“佛教城”。